L’interno è diviso in tre navate con decorazione settecentesca, anche se gli affreschi alle pareti sono rovinati ed il soffitto è stato privato dei dipinti del Lomi. L’annesso convento con la facciata rinascimentale, rifatta anch’essa nel secolo XVII, fu soppresso dai Francesi nel 1810 e trasformato in collegio per studenti; tale è rimasto anche oggi quale sede di un laboratorio di restauro, eccetto che per un periodo in cui fu adibito a riformatorio.